１．メタセコイアに複数オブジェクトのモデルをOBJで読み込むと一体化されてしまいます。
２．法線が全て表向きになっていたとしても、オブジェクトのスケールにマイナスが入っているとメタセコに読み込んだとき法線が反転してしまうようです。
左右対称にするためにマイナス値を入れたオブジェクトは要注意
というわけで
１．Mayaから書き出すときはオブジェクトごとに分ける。
２．書き出す前にMaya上でトランスフォームのフリーズをし、スケールを全てプラスにしておく。
その時点でマイナススケールが入っていたオブジェクトは法線がMaya上でも裏返るので、そのオブジェクトの法線を反転しておく。
以上のことをチェックしていれば問題無くメタセコへMayaから書き出せると思います。